El programa que como se ha dicho, está dotado con 257 millones de euros, de los cuales 168 millones son financiados por la Unión Europea a través del Fondo Europeo de Desarrollo Regional (FEDER). Los retos para el periodo 2007-2013 son la puesta en práctica de modalidades de gestión que favorezcan la emergencia de proyectos más estratégicos y la concertación de medios en el tratamiento de las cuestiones que más contribuyan a la consecución de los objetivos de la estrategia de Lisboa y Göteborg.

El programa señala a Gipuzkoa y Navarra como zonas elegibles, y a Bizkaia y Araba como zonas de contigüidad, por lo que las entidades locales, comarcales y provinciales de todos estos territorios pueden presentar proyectos de cooperación transfronteriza.